由于短程分子蒸馏器一般情况下是用来处理高沸点的物料产品，粘度都是比较高的，又是用在导热油加热上，因此分离能力比较小。

       设备利用液相中轻重组份分子逸出液相主体时的分子自由程差来进行的分离，实现分子蒸馏的基本条件为：轻组份分子逸出的分子自由程等于加热面和冷凝面的实际距离，这样正确地得到内置冷凝器实现的捕集成效，重组份分子逸出的分子自由程需要小于加热面与冷凝面的标准距离，使它不会到达内置冷凝器，内置冷凝器捕集轻组份的分子，实现轻重组份的分离。

       短程分子蒸馏器是根据分子蒸馏的原理而设计出来，为模拟分子蒸馏的模型，因加热面与冷却面的距离比较近，阻力相当小。鉴于内置冷凝器的作用，从而把汽化的汽相瞬时液化，实现收缩体积，因此能够维持设备里面的高真空。

       在使用之前，要先将里面洗刷一遍，达规定的清洁程度。同时还要将短程分子蒸馏器的存水替换成新的，主要是为了减少水垢得产生，但是要注意不能使其表面镀层受损，会影响蒸馏反应的成效。然后检查电源、线路、水路等，加水至规定的范围之后可以通电使用了。